Apollomatkojen lennot lennetään Finnairilla Helsingistä, joka on yhtiön pääasiallinen lähtökenttä. Lisäksi Apollomatkat lentää kesän 2012 kohteisiin myös Oulusta, Vaasasta, Jyväskylästä, Turusta ja Kokkolasta. Lähdöt ovat pääosin viikonloppuisin.

- Olemme saaneet paljon asiakaspalautetta lennoista ensimmäisenä kesäkautenamme. Olemme päättäneet valita Finnairin Apollomatkojen pääasialliseksi lentoyhtiöksi, koska laatu ja suomalainen palvelu ovat tärkeitä suomalaisille matkustajille, kertoo maajohtaja Eva Torra.
 
Kreetalle Apollomatkat lentää suoraan myös Vaasasta, Kokkolasta ja Jyväskylästä. Rodokselle lennetään suoraan myös Turusta ja Vaasasta.
 
Oulusta lennetään suoraan Kreetalle sekä uutuutena Rodokselle.  Finnairin lisäksi Apollomatkat lentää Oulusta myös espanjalaisella Orbestilla, joka käyttää uusia A320-koneita.
 
- Lisäämme alueellisia lentoja, koska niiden perään on paljon kyselty. Asiakaspalaute on tärkeää ja kun tiedämme, mitä asiakkaat toivovat, on helpompi suunnitella matkojen tuotantoa. Yhteistyömme Finnairin kanssa mahdollistaa useamman startin maakuntien lentokentiltä, Torra perustelee.
 
Apollomatkat lisää kesän 2012 tarjontaa voimakkaasti ja se nousee 40 000 matkaan. Määrä nostaa Suomessa 2010 aloittaneen Kuoni/Apollomatkat kesällä 2012 jo Suomen neljänneksi  suurimmaksi matkanjärjestäjäksi.