Estonian Air lopettaa useita reittejään sekä jättää jo ilmoittamiaan reittiavauksia tekemättä. Yhtiö ilmoitti toimitusjohtavaihdoksen yhteydessä keskittyvänsä vain yhtiölle tärkeisiin runkoreitteihin. Estonian Air lopettaa ennakko-odotusten mukaan lennot Helsinkiin, Joensuuhun ja Tartoon.

Joensuun lennot loppuvat 27.12.2012 ja lentoja lennetään vähennetyllä reittitiheydellä 13.11-27.12 välisenä aikana. Lennot Helsinkiin päättyvät 27.1.2013. Tallinna-Tarto reittivälin viimeiset lennot lennetään 21. ja 22. joulukuuta.

Yhtiön julkistamat reittiavaukset keväälle 2013 Lontoon Cityn-kentälle sekä Göteborgiin jäävät toteutumatta.

Yhtiö ottaa yhteyttä internetpalvelun kautta lipun ostaneisiin asiakkaisiin ja heille tarjotaan vaihtoehtoista reittiä tai rahojen palautusta. Asiakkaita, jotka ovat ostaneet lipun matkatoimistoista, kehotetaan ottamaan yhteyttä lipun myyneeseen tahoon.